Agir en faveur des personnes en situation de handicap (physique ou mental) est pour le FSJU une mission et un devoir essentiels.
Elle est menée en aidant directement les personnes (soutien financier) mais aussi et surtout en soutenant les structures et associations existantes.

Premier axe d’action : des séjours en centres spécialisés ou en colonies de vacances partenaires, financés par des bourses vacances (enfants et adultes), permettent aux personnes en situation de handicap un moment d’évasion en période estivale.
 
Au-delà des vacances, des subventions financent le développement de nouvelles structures d’accueil et permettent d’encourager la formation de personnels dans le secteur du handicap, qui en manque cruellement.
 
Au sein de ces structures et à l’école via des classes spécialisées (ULIS), ces enfants se construisent et les jeunes et adultes sont aidés afin de favoriser leur insertion professionnelle dans la société.